พระองค์ได้ออกจากราชการเมื่อวันที่ ๑๔ เมษายน ๒๔๕๔ เนื่องจากกรณีที่ถูกคิดว่า พระองค์จะคิดล้มราชบังลังค์ ร. ๖ ซึ่งพระองค์ก็ยิงยอมเพื่อความสบายใจของทุกฝ่าย ตั้งแต่นั้นพระองค์ก็ศึกษาและเขียนตำรายา จึงได้สมญาว่า "หมอพร" พระองค์ได้เสด็จไปรักษาคนไข้ทั่วไป โดยมีตำรวจสะกดรอยตามไปดูด้วย แต่พระองค์ก็หายตัวทุกครั้งเมื่อรักษาเสร็จ
แม้การออกจากราชการมิได้ทำให้อำนาจของพระองค์หมดไป เมื่อครั้งพระองค์เสด็จไปตรวตราปืนที่ป้อมพระจุลฯ พบว่า มีจุดที่ต้องแก้ไขทั้ง ๖กระบอก จึงรับสั่งให้คนดูแลเอากระดาษมา แล้วเขียนบันทึกถึงกรมพระนครสวรรค์ เสนาบดีทหารเรือ กรมพระนครสวรรค์ได้ปฏิบัติตามข้อแนะนำอย่าเคร่งครัด และทำบันทึกการแก้ไขไว้เพื่อป้องกันการเข้าถึงพระเนตรพระกรรณของ ในหลวง ร. ๖ แล้วเกิดความเดือดร้อนกันเสด็จเตี่ยในภายหลัง
กลับเข้ารับราชการ
ในวันที่ ๑ สิงหาคม ๒๔๖๐ พระบาทสมเด็จพระมงกุฏเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ทรงโปรดเกล้าฯ ให้ นายพลเรือตรี พระเจ้าพี่ยาเธอ กรมหมื่นชุมพรเขตรอุดมศักดิ์ กลับเข้ารับราชการในกระทรวงทหารเรือ แล้วพระราชทานยศให้เป็นพลเรือโทตามลำดับ เมื่อสงครามโลกครั้งที่ ๑ พระองค์ได้จับเรือเชลยได้ ๖ ลำ หลังจากนั้นก็ทรงทูลขอที่ดินสร้างฐานทัพเรือสัตหีบ และทรงซื้อเรือรบหลวงพระร่วง ซึ่งพระองค์เดินทางไปรับเรือด้วยพระองค์เอง และขับเรือกลับมายังแผ่นดินสยาม นับเป็นคนไทยคนแรกที่สามารถบังคับเรือได้ไกล
